果壳网 - 全球顶级期刊一不小心发了不靠谱的研究怎么办?

上一篇(左方向键) 下一篇(右方向键) 回目录(回车键) 粗体(B键)  正常(N键) 随机浏览(S键)   浏览次数:26    发布时间:2018/5/18 15:16:51   出处:果壳网   

  在2017年发生了很多事情,其中很多我已经忘记,但是有一件事,直到现在我都难以平复当时的心情。

  

全球顶级期刊一不小心发了不靠谱的研究怎么办? - 后花园网文 - 大杂烩

  用了这么久CRISPR,你跟我说有毒?

  那件事缘起于一篇发表于世界最顶尖生物技术期刊《自然-方法》(Nature Methods)上的论文,名为《CRISPR/Cas9在体编辑后妹想到的基因突变》(Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing invivo)[1]。

  这篇论文一经发表,就在生命科学圈里掀起了一场地震,据说当天就让基因编辑领域两大泰斗张锋和詹妮弗·杜德娜的公司股价暴跌。因为它提出了一个非常可怕的观点——用CRISPR/Cas9编辑过基因的小鼠身上会出现一千多个无法预测的基因突变!

  CRISPR/Cas9相当于一把基因剪刀,可对基因组进行精准的定点修饰,如同在Word文档中进行的插入、删除和替换等操作一样。学界一直认为,CRISPR/Cas9是一种极其精确且安全的基因编辑技术,能够高效可控地改变生物的基因[2,3]。

  那时候,CRISPR/Cas9正在朝着医疗领域大踏步前进。医疗技术最重要的是啥?安全!学界一直认为CRISPR/Cas9是一种极其精确且安全的基因编辑技术,能够高效可控地改变生物的基因[2,3]。

  这篇文章的横空出世,几乎要彻底葬送这个有着数万亿美元产值的朝阳产业。真是杜德娜看了会沉默,张锋看了想打人。

  

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  这项研究实在是做得太不像话了

  等等!2017年已经是CRISPR/Cas9开始大规模应用的第五个年头了,全世界已经有成千上万的实验室做了成千上万的研究了,这得多心大才能集体疏忽这么多基因突变啊。

  作为这个领域的从业者,我们自然也在第一时间看了这篇文章。看完之后,心中唯一的感受是——

  这项研究实在是做得太不像话了!

  这些人干了个什么事呢?

  简单来说,他们用CRISPR/Cas9技术编辑了两只小鼠的基因,然后把这两只老鼠和同一个“近交系”的老鼠比对了一下基因,结果发现除了CRISPR/Cas9靶向的位点以外还有一千多处基因的差异,于是得出结论,CRISPR/Cas9会导致意料之外的基因突变。

  诶?乍一看好像没啥问题嘛。问题大了,要理解问题在哪,首先要明白啥叫小鼠近交系。我们都知道,大多数情况下,你和隔壁老王基因差得比较远,而你和你父母兄弟姐妹的基因则比较接近。那么人和人的基因还能更相似一些吗?可以,比如兄弟姐妹之间近亲结婚,生下的小孩之间的基因就会更加相似。

  而人类对小鼠做的事情更加夸张一些,有些小鼠家庭被连续近亲繁殖了十几代,那么这些小鼠家族的基因就会非常非常非常相似,这样的小鼠家族就叫一个“小鼠近交系”。不过,即便是近交系内部的小鼠,彼此间的基因还是有那么一点点差别的,更何况每代小鼠多多少少会出现一些新的基因突变。

  而这篇论文最大的问题就是,它完全没考虑小鼠之间本来就有的基因差异,把所有凡是能找到的基因上不同的地方,通通归咎于CRISPR/Cas9导致的基因突变。

  我从未想过有生之年竟然会在一本一线期刊上看到犯这种低级错误的研究。

  这次不知咋的,论文一面世就被媒体吹上了天,一般的民众可没这种鉴别能力,一看顶尖期刊都这么说了,自然会以为基因编辑没前途,于是就有了开头股票暴跌的那一幕。

  眼看场面快控制不住,世界各国科研人员给《自然-方法》寄的批驳信简直堪比哈利·波特的录取通知书[4-10]。为此《自然-方法》前前后后发了好几篇编辑评论,就直接附在原文后面,反复说明这篇文章的结论有问题。

  为什么要这样呢?因为按照学术界的惯例,只有一篇文章所有主要作者都同意撤稿的情况下才能被撤稿。编辑做到这份上意思很明显了,就是劝你主动撤稿嘛,大家都留个面子。然而万万没想到这次遇上了个钉子户——半年多里,几位通讯作者就是不同意撤稿。

  

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  然后才出现了今年3月30日的奇幻结果——《自然-方法》最终基本是单方面决定,在通讯作者全都不同意的情况下,强行撤稿了这篇论文,也算是打破了学术界的惯例(详情请看Nature Methods就CRISPR意外脱靶论文撤稿发表社论)。

  不过,学术界还有一个问题没满意,这么稀烂的文章,当初是怎么被《自然-方法》接收的呢?撤稿声明的大概意思就是,这篇文章当初也是有同行评议的,只是那些评议人刚好都不太懂小鼠近交系神马的啦[11]。

  

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  反正这场风波其实对我们实验室也没啥影响。好吧,还是有一点……

  有位师兄当时一看到这篇论文,马上一拍大腿说:“艾玛好机会啊,我立刻用非常严谨的科学方法重做一下论文的工作,然后得出否定的结论反驳它,不就白捡一篇Nature methods嘛。”

  结果工作刚铺开,文章就撤稿了。

  作者:鬼谷藏龙

  编辑:明天

  参考文献

  [1]Schaefer, K. A., Wu, W. H., Colgan, D. F., Tsang, S. H., Bassuk, A. G., & Mahajan, V. B. (2017). Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo.Nature methods,14(6), 547-548.

  [2]Kim, D., Bae, S., Park, J., Kim, E., Kim, S., Yu, H. R., ... & Kim, J. S. (2015). Digenome-seq: genome-wide profiling of CRISPR-Cas9 off-target effects in human cells.Nature methods,12(3), 237.

  [3]Kleinstiver, B. P., Pattanayak, V., Prew, M. S., Tsai, S. Q., Nguyen, N. T., Zheng, Z., & Joung, J. K. (2016). High-fidelity CRISPR–Cas9 nucleases with no detectable genome-wide off-target effects.Nature,529(7587), 490.

  [4]Kim, S. T., Park, J., Kim, D., Kim, K., Bae, S., Schlesner, M., & Kim, J. S. (2018). Response to “Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”.Nature methods.

  [5]Wilson, C. J., Fennell, T., Bothmer, A., Maeder, M. L., Reyon, D., Cotta-Ramusino, C., ... & Albright, C. F. (2018). Response to “Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”.Nature methods.

  [6]Lareau, C., Clement, K., Hsu, J. Y., Pattanayak, V., Joung, J. K., Aryee, M. J., & Pinello, L. (2017). “Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo” are most likely pre-existing sequence variants and not nuclease-induced mutations.bioRxiv, 159707.

  [7]Schaefer, K. A., Wu, W. H., Colgan, D. F., Tsang, S. H., Bassuk, A. G., & Mahajan, V. B. (2017). Response to Editas: Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo.bioRxiv, 154450.

  [8]Caleb A Lareau, Kendell Clement, Jonathan Y Hsu, Vikram Pattanayak, J Keith Joung, Martin J Aryee & Luca Pinello. (2018). Response to “Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”.Nature methods.

  [9]Reynald M Lescarbeau, Bradley Murray, Thomas M Barnes & Nessan Bermingham. (2018). Response to “Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”.Nature methods.

  [10]Lauryl M J Nutter, Jason D Heaney, K C Kent Lloyd, Stephen A Murray, John R Seavitt, William C Skarnes, Lydia Teboul, Steve D M Brown & Mark Moore. (2018). Response to “Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”.Nature methods.

  [11]Retraction note: doi:10.1038/nmeth.4293

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